|  Eine
              Vorgängersiedlung, das Dorf Stuntzingen, musste weichen, als
              Graf Albrecht von Habsburg vor 1240 zur Sicherung seiner Güter
              am „Wald“ (am Schwarzwald) eine neue Stadt gründete
              und ihr den Namen ihrer Aufgabe im habsburgischen Herrschaftsgefüge
              gab: Waldshut. Die Neugründung lag außerdem an der Straße
              Schaffhausen – Basel, schützte den Eingang in das Wutachtal
              und lag gegenüber der Mündung der Aare in den Rhein. Die Stadt wurde nach einem regelmäßigen
                                Plan angelegt, eine breite Hauptstraße
                                durchzog sie vom Ober- und Untertor, zwei Parallelgassen
                                erschlossen die Hausplätze, eine Querstraße
                                führte vom Rheintor im Süden zum (inneren)
                                Waldtor im Norden. Dieser Grundriss charakterisiert
                                immer noch die Altstadt. Vor der nördlichen
                                Stadtmauer lag ein Vorwerk mit dem äußeren
                                Waldtor, das die Stadt zusätzlich schützte
                                und von dem noch geringe Reste erhalten sind.  Die Pfarrkirche des alten Dorfes Stuntzingen
                                wurde in die Neugründung hineinverlegt und
                                auf die Obere Pfarrkirche übertragen. Die
                                untere Pfarrkirche blieb Filial von Dogern. Pfarrherren
                                der Oberen Pfarrkirche waren die Habsburger selbst,
                                die 1377 den Kirchensatz an das von ihnen gegründete
                                Kloster Königsfeld (Schweiz) schenkten. Die Privilegien der Waldshuter Bürgerschaft
                                sahen eine weitgehende Selbstverwaltung vor.
                                Sie hatte das Recht, den Schulheißen und
                                den aus 8 Männern bestehenden Rat, sowie
                                den Leutpriester, den Stadtweibel und die Torwächter,
                                später auch den Schulmeister zu wählen.
                                Die Herrschaft behielt sich allerdings vor, alle
                                Gewählten zu bestätigen.  Diese Privilegien wurden der Stadt allerdings
                                nach der Niederschlagung der Wiedertäufer
                                in Waldshut durch Österreich 1525 aberkannt.
                                Als sie sie zurück erhielt, blieb die Ernennung
                                des Schultheißen das Vorrecht des Landesherrn. Die Randlage der vier Waldstädte und die
                                Grenzlage zur Eidgenossenschaft ließen
                                Waldshut an den Konflikten der Zeit Anteil nehmen.
                                Aus dem gemeinsam erlittenen, aber auch gestalteten
                                Schicksal ragt für Waldshut allerdings die
                                vergebliche Belagerung durch die Eidgenossen
                                im Schweizer Krieg von 1468 heraus, der der Stadt
                                nicht nur das Fest der „Waldshuter Kilbi“,
                                sondern auch die Verleihung des Habsburger Löwen
                                für besondere Tapferkeit einbrachte. Ein Großfeuer äscherte 1492 182 Häuser
                                ein, Waldhut verlor daraufhin seine wirtschaftliche
                                Stellung, die Kaufleute, die den Markt bisher
                                stark machten, wanderten nach Zurzach ab.  Die Reformation fand in der Person des Wiedertäufers
                                Balthasar Hubmayer Eingang. Er war 1521 – 1525
                                Pfarrer in Waldshut, sein Mitarbeiter 1525 war
                                Thomas Müntzer. „Höhepunkt“ der
                                Reformation war der Bildersturm vom 28. Oktober
                                1524, der in den Kirchen der Stadt wütete
                                und unersetzliche Werte vernichtete. Im selben
                                Jahr schloss sich die Stadt unter der Führung
                                Hubmayers den aufständischen Bauern an und
                                gab auch nach deren Niederlage noch nicht auf,
                                sondern setzte ihren Widerstand gegen die österreichische
                                Landesherrschaft fort. Das Strafgericht der siegreichen
                                Landesherrschaft nahm der Stadt ihre Privilegien
                                und den 1468 verliehenen Habsburger Löwen,
                                was sie jedoch beides später zurückerhielt. |